Selon l’abbé Lebeuf, le village des Loges-en-Josas n’a été érigé en paroisse qu’au XIVe siècle, à partir des paroisses voisines de Buc et de Jouy-en-Josas. L’église des Loges-en-Josas remplace une chapelle dédiée à saint Eustache, édifiée au XIIIe siècle. Ce martyr, de l’époque de Trajan et Hadrien, est le patron des chasseurs, ce qui explique que la communauté forestière du lieu-dit Les Loges se place sous sa protection.
La chapelle est ensuite agrandie, mais détruite au XVIIe siècle et remplacée par l’édifice actuel. Celui-ci, rénové par la suite, est composé d’une nef unique flanquée d’un clocher carré contre la façade qui conserve une porte Renaissance du XVIe siècle.
De gros travaux ont été effectué à l’église dans le dernier quart du XIXème siècle. Selon les archives de la série O en 1870, l’église menaçait de ruine de tous côté. De nouveaux vitraux ont été installé en 1984-85 par les peintres-verriers Annie et Patrick Confetti.