Baptisé localement Fort de Joux, le château de Joux surplombe la Cluse de Pontarlier, dans la commune de La Cluse-et-Mijoux. Érigé à partir du XIe siècle, en tant que château fort, il a connu plusieurs transformations, dont au XIXe siècle, une consolidation en tant que fort militaire. Il a longtemps été utilisé comme prison, avec d'illustres prisonniers comme Mirabeau en 1775 et Toussaint-Louverture, "père" de l'indépendance d'Haïti, qui y fut enfermé de 1802 à 1803, date de sa mort.
Le château dispose d'un grand puits très impressionnant construit par Vauban. L'eau du grand puits se jette dans la Loue par le réseau de Fontaine Ronde qui passe sous Pontarlier. Selon les spéléologues du Doubs, le puits de la Citadelle de Besançon est le plus profond de France (117 m) devant celui de la Halle à Cordes-Sur-Ciel dans le Tarn (114m) et le puits du Château de Joux (102 m)