Au départ Couvent des Franciscains fondé pendant la deuxième moitié du 13e siècle, l’essor de la future Église Sainte-Marie est coupé par l’installation de la Réforme au 16e siècle à Mulhouse. L’ancien couvent a servi notamment de dépôt d’artillerie avant le rétablissement du culte catholique au début du 19e siècle dans l’Église Sainte-Marie. Depuis, différents travaux de restauration ont été effectués et l’église accueille fréquemment des chorales.
Renseignements transcrits depuis le site de l'Office de Tourisme de Mulhouse Sud Alsace.